Atto I

Didone ha accolto nel suo palazzo Enea, fuggito da Troia. La confidente Belinda, accortasi che Didone è turbata, le parla del radioso futuro che la attende, ma Didone le dice che è in preda a un tormento che non può confessare. Ma la confidente intuisce che Enea è la causa.
Belinda, fiduciosa di un'alleanza con Troia, invita Didone a lasciarsi sedurre da Enea. Didone rifiuta, anche se lo desidera. Al termine dell'atto, si scatenano tuoni e lampi.

Atto II

Quadro I

Nella grotta della maga, sono convocate le streghe perché partecipino al trionfo del male su Cartagine, che sarà preda delle fiamme, e Didone perderà amore, trono e vita. Intanto un folletto, sotto le sembianze di Mercurio, sollecita Enea a fuggire durante la caccia. Ma le streghe scatenano una tempesta affinché Didone ed Enea rientrino a corte.

Quadro II

In un boschetto, Belinda contempla le valli e i boschi nei quali si svolge la caccia di Enea. Improvvisamente si scatena la tempesta e Belinda sollecita tutti a rientrare alla reggia. Ad un tratto appare un folletto della maga, che in nome di Giove gli ordina di lasciare Cartagine e di partire per Troia. Enea, lamentando la sua triste sorte, deve acconsentire e sottomettersi al volere degli dèi.

Atto III

I marinai cantano lieti per l'imminente partenza. La maga e le streghe osservano la scena, esultando per la sventura che incombe su Cartagine, e decidono di perseguitare Enea quando sarà in mare con una tempesta.
Didone, certa di perdere l'amato, giunge al porto e confessa tutta la sua disperazione. Enea le spiega che la sua partenza è voluta dagli dèi, ma Didone l'accusa d'ipocrisia e lo respinge, anche se Enea giura che rimarrà ancora a Cartagine.
Didone, non potendo vivere senza Enea, muore di dolore. Sulla sua tomba compaiono gli Amorini: il coro li prega di vegliare sempre sull'anima della sfortunata regina.